BNCT的原理是很先进，但也是很复杂的，需要从宏观（人体组织尺度）到微观（细胞，甚至分子尺度）都做到精准，才能体现其绝妙之处，然而至今还尚未走完临床试治阶段。

一般粗筛选的条件包括：

已确诊患有本轮试验所针对的恶性肿瘤，比如多形性胶质母细胞瘤，复发的头与脖颈癌或黑色素皮肤瘤等；

是否接受过放疗或化疗：有的临床试验要求已经采用放疗或化疗，有的则要求没有接受过治疗，主要基于本期临床试验目的而做出的要求；

一般要求患者的Karnofsky功能状态评分大于70%，即生活可自理，但不能维持正常生活工作；

无苯酮尿症以及其他影响治疗病症；

无心脏起搏器或其他影像核磁成像的金属植入物等；

当然最重要的是患者及家属同意接受BNCT试验和参与后续的随访，并签署书面协议。

通过粗筛选中的患者，给其注射示踪药物18F-FBPA，并用正电子断层扫描仪PET进行体外成像，获取患者全身或肿瘤部位的PET图像，分析确定肿瘤 内硼的浓度与血液中硼的浓度之比（T/N）。如果T/N值还不错，则患者适合采用BNCT进行治疗。

确定从那些方向进行照射，照射多久，配合使用什么样的准直器等。核心任务进行患者的三维剂量的计算、优化、以及评价，终要满足剂量限制要求。

剂量限制条件一般至少包括肿瘤的最小剂量限值和皮肤以及危及器官的最大剂量限值等。肿瘤剂量限值一般要求80%的肿瘤体积大于某一剂量水平，比如大于20 RBE-Gy（生物等效剂量）；还有就是要求肿瘤组织中的最小剂量至少要大于某一剂量水平等。关于皮肤以及危及器官的最大剂量限值，BNCT治疗一般将皮肤的耐受剂量值设置为处方剂量，这一点与常规放疗的处方剂量概念不一样，比如处方剂量一般取为11 RBE-Gy；不同的危机器官可能娶不同的最大剂量限值，视神经一般取小于5 RBE-Gy作为剂量限值。

剂量计算的首要任务就是通过模拟不同的照射方案以找到满足上述的所有剂量限值要求的方案。有了满足基本要求的照射方案，需要与主治医生进行反复讨论，判断方案是否合适，是否最优，而且还需要通过模拟定位等手段确定该方案能否顺利执行，比如照射方向是否因为治疗室的场地限制而执行不了，患者能否在照射期间保持预设的同一治疗体位，等等。在治疗计划终确定下来后，就可以进入治疗的环节了。

剂量计算方法一般都采用蒙特卡罗（Monte Carlo）粒子输运程序来完成，一次计算任务采用单个CPU需要花10个小时左右的时间，整个计划可能需要多次计算。

通过打点滴的方式给患者注射BPA或BSH药物，注射的药量达到300-500mg/kg；注射药物期间，每间隔15分钟或30分钟对患者进行抽血，通过生化或核物理手段检测血液中的药物浓度，即血硼浓度，拟合出血液中硼浓度的代谢方程。

一般在两小时BPA硼药注射完成后的半个小时后开始进行中子照射，为了保持肿瘤组织中硼浓度，还可以一边照射一边继续给患者注射硼药。照射完成后，患者就可以回家了。BNCT对中子源的基本要求就是照射时间控制在1个小时内，将来的BNCT治疗设施可以将照射时间控制在20分钟内。X射线放疗、质子放疗以及重离子放疗一般都采用每天照射一次，一个月内照完，而BNCT只需要照射一次。

治疗完成后，需根据治疗过程中的有关测量数据对治疗剂量进行修正，输出最终的剂量报告，记录此次BNCT治疗相关数据及剂量资料，并建档储存作为病历记录及供日后参考研究使用。

BNCT・硼中子俘获疗法已经运用于皮肤黑色素瘤、恶性脑瘤、头颈部肿瘤、恶性胸膜间皮瘤的等临床试验，除此下列所述肿瘤外，其他肿瘤也已经开展了治疗的研究。

现阶段的试验对于病灶位置距体表7cm深度以内的有明显效果；另外，硼素化合物被癌细胞的吸收率还有待提高，目标是让80%的癌细胞吸收硼素物质。