对于非弥漫性肝癌有许多治疗方式，但每种都有其限制。例如手术无法施行于肝功能不佳者、肝脏移植的器官取得不易、肿瘤内酒精注射于小肿瘤，射频烧灼术对大于5公分肿瘤成效不佳。动脉化学栓塞疗法、标靶治疗、钇90微球体体内放射治疗等则是非根治性疗法。

放射治疗过去在肝癌并未扮演重要角色。主因是肝脏是对放射伤害非常敏感的器官，而肝硬化或慢性病毒感染的肝脏其敏感度更是难预测。随着科技进步，放疗的角色已从舒缓性治疗，提升至某些情况下，可局部控制肿瘤。但现行X光放疗具穿透性，可能造成部分肝脏受损，而有限制。

质子治疗利用加速高能量的质子射束使其杀死肿瘤。与X光大差别在于，穿越组织时会释出少数能量，到达欲治疗的肿瘤深度时，能释出大量能量，而在肿瘤后的正常组织完全没有剂量，简单来说像「放射线的标靶治疗」。

日本的国家癌症中心医院、竺波大学、兵库大学等相继发表治疗成果。局部控制率在5公分以下肿瘤达9成以上，在5至10公分有8成至8成半。日本肝癌研究群统计各疗法5年存活率，手术病人59%，射频烧灼术62%，动脉化学栓塞疗法32%，而质子为48%。一般而言，手术病人肝功能很好，射频烧灼术限于小肿瘤，质子之病人大都为不适合开刀或其他疗法失败病人。